Abanillas

Con 180 metros de altitud, es una de las localidades más altas del término y dista 5 km de la capital. Sus 95 hab. (2004) se reparten en su núcleo central y en los barrios de La Cuesta, El Pueblo, La Piñera y El Cotero.

Estrada

Este pueblo se ubica en la marina interior, a 4 km de la capital y a una altitud de 110 m sobre el nivel del mar. Cuenta con tan solo 22 hab. (2004), lo que le convierte en el núcleo poblacional más reducido. Su importancia radica en el conjunto medieval que alberga y al que da nombre: la Torre de Estrada, declarado Bien de Interés Cultural en 1992. En Estrada nació el escritor Gumersindo Laverde Ruiz (1835–1890).

Helgueras

75 hab. (2004) conforman la población de este núcleo ubicado a 6 km al sur de Pesués y a 110 m de altitud. Cuenta con un mirador a la entrada del pueblo, desde el que se puede observar buena parte de la marina interior.

Luey

A 3 km al sur de Pesués se localiza este pueblo de 171 hab. (2004), que se distribuyen en los barrios de La Espinuca, El Argumal, La Picota y Somavilla. Tiene una altitud de 110 m.

Molleda

En la ribera derecha del río Deva se encuentra este núcleo de disposición alargada, en el que residen 203 hab. (2004). Dista 4,5 km de Pesués y tiene 20 m de altitud.

Muñorrodero

Esta localidad, ubicada en la margen derecha del río Nansa, a 20 m de altitud y a 1 km al sur de Pesués, cuenta con una población de 101 hab. (2004). En este lugar se abre la cueva de Salín o Fuente de Salón, Bien de Interés Cultural desde 2000.

Pechón

215 hab. (2004) pueblan este núcleo alargado situado a 3 km al norte de Pesués y cuya altitud es de 70 m. Es un área de gran interés desde el punto de vista natural, en la que destacan su encinar y sus playas

Pesués

Es la capital y está localizada en la desembocadura del río Nansa. Su población, de 383 hab. (2004), se reparte entre los barrios de Villanueva, La Aldea, La Barca de Arriba, La Barca de Abajo y los Tánagos. Se encuentra a 73 km de Santander y su altitud es de 30 m. En Pesués nacieron el maestro de cantería Francisco Rubín de Colombres (S XVIII) y el político y líder sindical Antonio Vayas Gutiérrez (1884–1937).

Portillo

Entre los barrios de Portillo de Arriba y Portillo de Abajo se dividen los 87 hab. (2004) de esta aldea, que dista 5 km de Pesués y tiene una altitud de 140 m. En esta localidad se encuentra la iglesia gótica del cementerio de Portillo, declarada Bien de Interés Local en 2002

Prellezo.

A 3,5 km al este de Pesués, al pie de la Sierra de Jerra, se halla este pueblo de 194 hab. (2004), que tiene una altitud de 70 m. En esta localidad se halla el castro de Castillo, declarado Bien de Interés Cultural en 2004.

Prío

Este núcleo poblacional, distante 2,5 km de la capital municipal, cuenta con 79 hab. (2004) y está situado a 100 m de altitud.

San Pedro de las Baheras

Con 61 hab. (2004), esta localidad es la segunda más reducida del municipio desde el punto de vista demográfico. Está dividida en los barrios de Escandar, El Hoyo y Santa Marina. Además, es la más alejada de la capital municipal, de la que dista 7 km. Su altitud es de 210 m.

Serdio

 La población de este núcleo, situado a 3 km al sureste de Pesués y a 115 m de altitud, la integran 179 hab. (2004). En Serdio nació futbolista nació el futbolista Juan Antonio Sañudo Herrero (1956).

Unquera

En el límite con Asturias se encuentra esta localidad que, con 736 hab. (2004), además de ser el núcleo poblacional más importante, constituye un destacado nudo de comunicaciones a escala comarcal, así como un pequeño centro industrial y de servicios. Su nombre proviene de la junquera que existía en el territorio sobre el que se asienta. Dista 1,5 km de Pesués y tiene una altitud de 15 m. En Unquera nació el piragüista Fernando Franco Cuétara (1975).